Dalam udara kemerdekaan yang baru, kesatuan yang dipaksakan oleh Jepang dan diharuskan oleh revolusi segera saja memudar. Sarekat Islam, sekarang PSII, yang merasa tidak puas, antara lain karena dominasi Muhammadiyah dalam partai itu, adalah yang pertama-tama meninggalkan Masyumi. (Di Mojokuto, dominasi Muhammadiyah tumbuh secara mencolok. Ketua, Wakil Ketua, Sekretaris dan empat dari tujuh anggota Dewan Pemimpin adalah orang Muhammadiyah). Tak lama kemudian, Nahdatul Ulama meninggalkan partai itu karena alasan yang sama dan sebagai akibat dari pertentangan dengan Muhammadiyah tentang siapa yang akan menjadi Menteri Agama. (Keputusan untuk keluar dari Masyumi tentu saja diambil oleh Dewan Pimpinan Pusat partai-partai tersebut di Jakarta). Dengan demikian, untuk pertama kalinya Nahdatul Ulama menjadi partai politik yang sebenarnya dan tidak hanya berfungsi sebagai organisasi sosial. Di Mojokuto, tetapi belum tentu di tempat lain di Jawa, di mana perbedaan sejarah menghasilkan perbedaan pola, perpecahan ini menyebabkan sebagian besar kepemimpinan Masyumi jatuh ke tangan Muhammadiyah, walaupun kebanyakan anggota biasa di desa-desa bukan anggota Muhammadiyah. Walaupun keluarnya Nahdatul Ulama dan dalam kadar yang lebih kecil, PSII (yang merupakan sebuah partai yang sangat kecil walaupun agak aktif, di Mojokuto memiliki sekitar 40 anggota), jelas melemahkan Masyumi, ia masih merupakan partai Islam terbesar di Indonesia dan dengan demikian, generasi kedua keturunan kaum modernis yang pertama ini sekarang mendapatkan diri mereka di puncak sebuah organisasi massa, suatu prestasi yang tak pernah dicapai oleh “ayah-ayah” mereka pada tahun-tahun sebelum perang. Untuk sebagian, hal ini merupakan hasil dari sikap moderat mereka dalam soal-soal yang murni menyangkut agama, santri pedesaan tak lagi begitu curiga terhadap kelangsungan ortodoksi sebagaimana sebelumnya. Untuk sebagian lagi, hal ini merupakan konsekuensi yang tidak diharapkan dari pembentukan kesatuan Masyumi pada masa Jepang dan peran terdepannya dalam revolusi. Banyak orang yang sebelumnya tidak pernah berpartisipasi dalam organisasi Islam apa pun, masuk ke dalam Masyumi pada periode ini: dan orang-orang baru ini tetap setia kepada partai baru itu ketika mereka yang pada masa sebelum perang menjadi anggota Nahdatul Ulama atau Sarekat Islam mengundurkan diri. Singkatnya, sejarah yang kompleks dan baru saja kita telusuri itu menghasilkan sebuah umat dengan satu partai kecil dan dua partai