وبرغم أن شختر كان يؤمن بأن اليهودية دين وقومية معاً، فإنه لم ينضم إلى الحركة الصهيونية بسبب ما تصوَّره من علمانية قادة الحركة من أشباه اليهود، على حد تعبيره. وكان تصوُّره للوطن القومي اليهودي أقرب إلى صيغة آحاد هعام منه إلى صيغة هرتزل، وقد قابل آحاد هعام، وأصبح صديقاً شخصياً له. ولكنه اضطر في النهاية (عام ١٩٠٥) إلى الانضمام إلى الحركة الصهيونية لأن الصهيونية على حد قوله تمثل سداً عميقاً ضد الانصهار والاندماج، كما أنها تعبير صادق عن أعماق الوعي اليهودي إلى درجة لم يتنبه إليها الصهاينة اللادينيون أنفسهم. ويُعَدُّ شختر مسئولاً أكثر من أي شخص آخر عن إدخال الأفكار الصهيونية على اليهودية المحافظة في الولايات المتحدة. وقد عارض شختر مشروع شرق أفريقيا، وكان يرى أن أية دولة صهيونية خارج الأرض المقدَّسة لا معنى لها، وقد ساهم في تأسيس معهد التخنيون في حيفا. وبعد الحرب العالمية الأولى عبَّر عن أمله في أن ينتصر الحلفاء على الأتراك ليستولوا على فلسطين، لأنه كان يؤمن بأن إنجلترا "الوطن الإنجيلي المفعم بالإيمان والروح العملية" ستفهم أماني الشعب اليهودي.