وقد شهدت المنظمة انشقاقات مهمة، كان أولها انسحاب إسرائيل زانجويل وأتباعه الصهاينة الإقليميين بعد أن رفض المؤتمر الصهيوني السابع (١٩٠٥) مشروع إقامة وطن قومي يهودي في أوغندا وقاموا بتأسيس منظمة مستقلة عُرفت باسم المنظمة الصهيونية الإقليمية.

كما شهدت المنظمة انقساماً آخر عام ١٩٣٣ حينما انشق غالبية الصهاينة التصحيحيين بزعامة فلاديمير جابوتنسكي عن المنظمة الصهيونية بعد إخفاقهم في حملها على تبنِّي مطلبهم المتمثل في الإعلان بصراحة عن أن الهدف النهائي للحركة هو إقامة الدولة اليهودية. وشكلوا منظمة أخرى تُدعَى «المنظمة الصهيونية الجديدة» .

وبالإضافة إلى ذلك، كانت المنظمة منقسمة إلى اتجاهات سياسية متباينة: حركة عمال صهيون (وهم الصهيونيون العماليون) وحركة مزراحي (التي تمثل الصهيونية الإثنية الدينية) والصهاينة العموميين. كذلك كان هناك تيار الصهيونية الإثنية الثقافية وعلى رأسه آحاد هعام وأنصاره.

ويجب أن نذكر، مرة أخرى، أن هذا الانقسام أو هذه الانشقاقات كانت تتم داخل إطار من الوحدة والالتزام المبدئي. ولذلك، نجد أن الإقليميين والتصحيحيين عادوا إلى حظيرة المنظمة بعد بضع سنوات، كما أن أتباع المزراحي الذين انشقوا عام ١٩٠١ تحت زعامة الحاخام إسحق راينس وأسسوا حركة مزراحي ظلوا يعملون داخل إطار المنظمة مع أعضاء عمال صهيون الماركسيين والصهاينة العموميين ذوي الاتجاهات الليبرالية.