وآخرها: تفسير سورة التوبة عدد أوراقها: (٢٣٦) وهي مرممة ترميمًا نتج عنه ضياع بعض الكلمات في بداية سورة الفاتحة ص ٩- ١٠- ١١- ١٣- ١٤.

ويوجد عليها حواش وتعليقات.

والثالثة: رقمها (٣٧٨٢) عدد أوراقها (٢٠٨) تبدأ بسورة البقرة وسورة آل عمران وسورة النساء وآخر المخطوطة كتبت هذه العبارة (آخر الجزء الأول من معالم التنزيل، وكان الفراغ من نسخه يوم السبت رابع عشر شهر ربيع الآَخر سنة ست وأربعين وسبعمائة على يد أفقر العباد وأحوجهم إلى عفو ربه) .

والرابعة: برقم (٣٦٢٧) الجزء الأول فقط عدد أوراقها (٢٩٨) وفي ورقة ٢٩٧ كتب عليها: (تم الربع الأول بحمد الله وتوفيقه وكان الفراغ من كتاب (معالم التنزيل) بإذن الله الملك الجليل في يوم الجمعة قبل الظهر اثنين وعشرين يومًا خلا من شهر ربيع الأول سنة ألف ومائة وتسعة وعشرين سنة ١١٢٩ هـ.

هذا بالإضافة إلى العديد من النسخ الناقصة وقد اخترنا النسخة (أ) أصلًا، أي نسخة المكتبة الظاهرية وذلك لقربها من وفاة المؤلف ولتمامها ولوجود بعض الحواشي والتعيقات عليها واستعنا بعد عون الله تعالى وتوفيقه بالنسخة (ب) التي جعلناها في المرتبة الثانية وذلك لوضوحها وتمامها وسبب اقتصارنا على النسختين (أ، ب) وصرف النظر عن غيرهما هو التحرز من ضغط الهوامش بالاختلافات التي قد تؤدي إلى النفور والملل، لعدم فائدتها للقارئ والله الهادي إلى سواء السبيل.