وفي عام ١٩١٨، تولَّى منصب مفوض الشعب للشئون العسكرية والبحرية حيث عمل على بناء وتنظيم الجيش الأحمر. وإليه يعود الفضل في انتصار البلاشفة في الحرب الأهلية التي أعقبت الثورة. قاد تروتسكي الحملة على بولندا التي انتهت بكارثة رغم معارضته لها في البداية. وكان مسئولاً عن ضرب المعارضة الفوضوية واليسارية فيما عُرف بعدئذ باسم «الإرهاب الأحمر» ، كما كان صاحب فكرة كتائب العمل الإجباري. ومع وفاة لينين عام ١٩٢٤، نشب صراع على السلطة بين تروتسكي وستالين انتصر فيه الأخير بفضل تحالفه مع زينوفييف وكامينيف (وهما من البلاشفة اليهود) . وقد اختلف تروتسكي مع ستالين حول سياسة بناء الاشتراكية في بلد واحد، فلم يكن تروتسكي يقبل فكرة الاشتراكية داخل حدود دولة واحدة، بل اعتبر أن ذلك لن يتحقق إلا من خلال ثورة اشتراكية على نطاق العالم أجمع. وتزَّعم تروتسكي المعارضة اليسارية الراديكالية شبه الشرعية داخل الحزب، وانضم إليه زينوفييف وكامينيف بعد أن تحوَّل ستالين ضدهما. إلا أن ستالين نجح، في نهاية الأمر، في إقصاء تروتسكي من المكتب السياسي، وفي طرده من الحزب الشيوعي عام ١٩٢٧، ثم نفيه إلى تركستان عام ١٩٢٨ بتهمة التورط في نشاط معاد للثورة. ثم طرده ستالين من الاتحاد السوفيتي نهائياً عام ١٩٢٩ وجرَّده من الجنسية السوفيتية عام ١٩٣٢. وقد استمر تروتسكي في الهجوم على ستالين واتهمه بأنه مُمثِّل البيروقراطية البونابارتية. وتنقَّل تروتسكي بين عدة دول واستقر أخيراً في المكسيك عام ١٩٣٧. وحاول مؤيدو تروتسكي عام ١٩٣٨ تأسيس دولية شيوعية مستقلة عن موسكو، إلا أنهم فشلوا في تعبئة حركة جماهيرية واسعة مؤيدة له. واتُهم تروتسكي، أثناء المحاكمات التي تمت في موسكو في أواسط وأواخر الثلاثينيات ضد بعض القيادات البلشفية (وكان من بين المتهمين زينوفييف وكامينيف) ، بتورُّطه، بالاتفاق مع حكومتي ألمانيا واليابان وبعض العناصر المؤيدة له في الاتحاد