وكما أن نظرية تشومسكي في اللغة تؤكد الوحدة، فإن هناك التنوع فيها والذي يجب أن تُفسِّره أية نظرية لغوية. ولإنجاز هذا، يُقدِّم تشومسكي ثنائية أخرى: الكفاءة المثالية أو المقدرة الموروثة (البنية العميقة) ، وهي مقدرة الفرد على إنتاج وفهم عدد غير محدد من الجُمل وتحديد الخطأ وتَلمُّس الغموض من جهة، والأداء الفعلي (البنية الظاهرة) ، أي عملية استخدام هذه القدرة في نسق محدد، من جهة أخرى. والمقدرة «المثالية» تتحقق في كل لغة بشكل جزئي (يرى تشومسكي أن دور الجماعة يقتصر على تشخيص النظام اللغوي إذ تقوم الجماعة بتحديد المقدرة اللغوية عن طريق استبعاد بعض الإمكانات اللغوية، أي فرض حدود على المقدرة اللغوية الكامنة التي تحوي الثوابت اللغوية العالمية كافة) .

ورغم أهمية الأداء اللغوي الفعلي، فإن علم اللغة لابد أن يُركز على الكفاءة المثالية وحسب، وعلى الثوابت اللغوية التي تتمثل في قواعد وتراكيب اللغة. هذا لأن دراسة الأداء الفعلي والاستخدامات المختلفة للغة بكل ما يكتنف ذلك من المصاعب والتفاصيل والتعقيدات الفعلية للواقع، يَصعُب التعامل معه على نحو رياضي علمي صارم (وهنا يبدأ الجانب الآخر الخاص بالبرمجة والتشفير في منظومة تشومسكي يُطل برأسه) . وقد اكتشف كثير من علماء الإنسانيات والاجتماع إمكانية تطبيق منهج تشومسكي التوليدي البنيوي على العلوم الإنسانية كافة، بل وعلى الإبداع الفني.