من القضايا الأساسية التي تثار في الدراسات الخاصة بتاريخ التحليل النفسي والمنظومة الفرويدية قضية البُعد اليهودي فيها، ويمكننا أن نؤكد ابتداءً أن فرويد ينتمي بشكل كامل إلى الحضارة الغربية التي هيمن عليها نموذج العلمانية الشاملة والتي كانت قد بدأت تدخل مرحلة السيولة واللاعقلانية المادية. ويُعتبَر فرويد من أهم مفكري هذه الحضارة ومنظريها، ولا يمكن فَهْم فكره إلا في إطار الحضارة الغربية الحديثة. ومع هذا يذهب كثير من مؤرخي الأفكار إلى القول بأن التحليل النفسي «علم يهودي» يضرب بجذوره في طبيعة اليهود النفسية (وهذه مقولة أخذ بها النازيون وكثير من الصهاينة) . والمدافعون عن هذا الرأي (أ. روباك A.Roback ـ إيزيدور سادجر Sadger ـ إرنست جونز Jones) يسوقون قرائن عديدة من بينها أن اليهود دائمو التأمل في أسباب الظواهر، ويتضح هذا في مزامير داود وفي التلمود. وهذا التفسير يربط بين التحليل النفسي وبعض الصفات الأزلية الثابتة في طبيعة اليهود. وهناك من يحاول أن يُدخل بُعداً تاريخياً فيذهب إلى القول بأن التحليل النفسي هو محاولة اليهودي أن يعالج عُصابه الناجم عن وجوده الدائم في المنفى. وتذهب سوزان هاندلمان إلى أن فرويد إن هو إلا تعبير عن تقاليد الهرمنيوطيقا المهرطقة (انظر الباب المعنون «اليهود واليهودية وما بعد الحداثة» ) وهو جزء من انتقام اليهودي من مجتمع الأغيار الذي اقتلعه من مكانه، ولذا فاليهودي يقوم بتفكيك الحضارة الغربية المسيحية، تماماً كما قامت هذه الحضارة بتفكيكه. ومثل هذه الأفكار تلاقي رواجاً غير عادي في بعض الأوساط في العالم العربي، وتُستخدَم في تدعيم الرأي القائل بوجود «مؤامرة يهودية» تعبِّر عن الجوهر اليهودي.