وحينما نشب التمرد اليهودي الأول (٦٦ ـ ٧٠م) ، حاول في بادئ الأمر، حسب روايته، أن يقنع الثوار بالعدول عن خطتهم، ولكنه اضطر في النهاية إلى الانضمام لهم. وقد عينته الحكومة الجديدة قائداً عسكرياً لمنطقة الجليل عام ٦٦م وهي منطقة كانت معروفة بخصبها وثرائها، كما أنها كانت تُعَد أهم منطقة من الناحية العسكرية إذ من المتوقع أن يأتي الرومان من الشمال ليواجهوا أول ما يواجهون تحصينات هذه المنطقة العسكرية. وحينما وصل الرومان، سرعان ما تساقطت التحصينات والمدن اليهودية، الواحدة تلو الأخرى، فحاول يوسف هاكوهين الهرب، ولكنه لم يفلح إذ أبقاه جنوده رغم أنفه، ثم تمكَّن القائد والجنود من الفرار إلى أحد الكهوف حيث قرر الجنود الانتحار بطريقة جماعية. فقام يوسف هاكوهين بعمل القرعة بنفسه، وأشرف على عملية الانتحار ذاتها، وكفل له ذلك أن يكون آخر المنتحرين. وحينما لم يتبق إلا هو وشخص آخر، أقنعه بالاستسلام للرومان بدلاً من الانتحار. وعندما مثل هاكوهين بين يدي القائد الروماني فلافيوس فسبسيان ادعى أنه مطلع على الغيب وتنبأ للقائد الروماني بأن له مستقبلاً باهراً وأنه سيتبوأ عرش روما. وبعد هذا، قام المتنبئ هاكوهين بحملة إعلامية للترويج لنبوءته، وصحب فسبسيان إلى مصر وانضم إلى تيتوس أثناء حصاره القدس، وأصبح المتحدث باسم الرومان، وطلب إلى المتمردين اليهود الاستسلام. وبعد هزيمة المتمردين، سار يوسيفوس معه في موكب النصر الذي عُرض فيه الأسرى اليهود. ثم قطن في منزل تيتوس السابق وحصل على المواطنة الرومانية وعلى معاش وقطعة أرض خصبة في الجليل (فلسطين) كانت ضمن الأراضي التي صادرها الرومان. وقد غيَّر يوسف هاكوهين اسمه إلى يوسيفوس فلافيوس، أي أنه لتَّن اسمه العبراني يوسف واتخذ اسم الإمبراطور الروماني اسماً للأسرة.