وقد تعرَّض تنفيذ مشروع التوطين لحالة من الجمود في السنوات التي سبقت الحرب العالمية الثانية، وذلك بسبب حملة التطهير التي قادها ستالين وشملت العديد من القيادات ومن بينها القيادات اليهودية في الحزب والدولة. ثم إن ظروف الحرب (بعد ذلك) فرضت جموداً على تنفيذ المشروع، فلم يَعُد للبروز والنشاط إلا في نهاية الحرب العالمية الثانية وبالذات في النصف الثاني من عام ١٩٤٦. وقد أظهر اليهود في تلك الفترة حماساً أشد للتَوطُّن في بيروبيجان، وتطوَّع للذهاب إليها فنانون وموسيقيون وأطباء. وتشير بعض التقديرات إلى أن عدد اليهود، في منتصف سنة ١٩٤٨، بلغ نحو خمسة وثلاثين ألفاً جاء بعضهم ضمن الهجرة المنظمة، وجاء البعض الآخر هرباً من الجيوش النازية الزاحفة نحو موسكو، وجاء البعض الثالث ليفتش عن مكان جديد يبدأ فيه حياته. وقد تمت تنمية الطابع اليهودي اليديشي للمقاطعة في هذه المرحلة. فأُنشئت مزارع جماعية يهودية ومجالس فرعية، واستُخدمت اليديشية كلغة رسمية، وأُسِّس مسرح يديشي ومكتبة عامة سُمِّيت باسم الكاتب اليديشي شالوم عليخيم، كما أُقيمت مؤسسة طباعة عصرية وصُنعت آلات كاتبة بالحروف التي تُكتَب بها اللغة اليديشية.