أما فترة عصر الأسرات المتأخرة (١٠٨٥ ـ ٣٣٢ ق. م) ، بعد نهاية المملكة الحديثة، فتشمل حكم الأسر: من الحادية والعشرين (١٠٨٥ ـ ٩٤٥ ق. م) وحتى الأسرة الثلاثين (٣٨٠ ـ ٣٤٣ ق. م) والتي تُسمَّى في التاريخ المصري القديم بالحكم الأجنبي، أي حكم الليبيين والنوبيين والآشوريين والفرس وغيرهم. وقد شهدت هذه الفترة انحسار النفوذ المصري، وهي نفسها الفترة التي تم فيها اتحاد القبائل العبرانية فيما يُسمَّى بالمملكة العبرانية المتحدة ثم انقسامها وأخيراً سقوطها على يد الآشوريين والبابليين. وتتراوح العلاقات بين مصر وفلسطين في تلك الآونة بين الشد والجذب، فقد قدَّم أحد فراعنة الأسرة الحادية والعشرين ابنته زوجةً لسليمان. وتزوج ملك مصر الليبي (شيشنق الأول) ، من الأسرة الثانية والعشرين الليبية (٩٤٥ ـ ٧٤٥ ق. م) ، ابنة سليمان، الأمر الذي أدَّى إلى إقامة علاقات وطيدة بين مصر والمملكة العبرانية المتحدة. ولكن شيشنق قام، مع هذا، بحماية يربعام الأول المتمرد الهارب من حكم سليمان. ولكنه، بعد موت سليمان، هاجم المملكة الجنوبية ونهب الهيكل أثناء حكم رحبعام ابن سليمان (هناك نقش على الجزء الخارجي من الحائط الجنوبي لهيكل آمون في الكرنك يصور هذه الحملة التي قام بها شيشنق ويذكر المدن التي غزاها) ، ثم هاجم المملكة الشمالية ذاتها. وقد استمر تَدخُّل مصر في شئون الدويلتين العبرانيتين، إذ أرسل فراعنة مصر ألف جندي مصري لإيقاف شلمانصر الثالث حينما هاجم التحالف الآرامي العبراني في معركة قرقر ٨٥٣ ق. م، التي انتصر فيها الآشوريون وإن لم تكن نتيجتها حاسمة تماماً.