ويُقال إن منَسَّى وضع تمثالاً منحوتاً بدلاً من التابوت داخل الهيكل غير أن يوشيا أرجعه، وقال يوسيفوس عن التابوت إنه «لم يكن يحتوي على أي شيء بالمرة» .

ولم يأت ذكر التابوت ضمن الغنائم التي حملها البابليون معهم وأُعيدت فيما بعد. وثمة رأي يقول إن التابوت من بين مواد العبادة الشعائرية لقبيلة إفرايم، ويُوجَد داخله حجران يحل فيهما يهوه. كما يرى جوستاف لوبون أن تابوت العهد مقتبس من الفكر المصري القديم الذي كان يعرف نظائر عدة لهذا التابوت المقدَّس (مراكب الشمس) . لكن الطقوس الدينية التي كانت تحيط بتابوت العهد تشير إلى طبيعة العبرانيين البدوية، كما تشير إلى أنهم كانوا شعباً متنقلاً كثير الترحال. ولا يُعرَف، على وجه الدقة، مصير هذا التابوت. فعند بناء الهيكل الثاني، لم يكن له من أثر ولم يأت ذكره، وإن قيل إنه مخبّأ فوق أحد الجبال أو تحت الهيكل إلى أن يعود الماشيَّح. وهناك رأي يذهب إلى أنه أُعيد بناؤه في هيكل هيرود. وعلى أية حال، فإن تابوت العهد لم يختف دون أن يترك أثراً في الديانة، وتابوت لفائف الشريعة هو امتداد لفكرة تابوت العهد. وهناك اعتقاد عند الإثيوبيين بأن تابوت العهد (الأصلي) موجود في إثيوبيا.