ولكن كثيراً من الفرق الغنوصية المهرطقة، وهم من أعداء الكنيسة، استمروا في الدفاع عن العقيدة الألفية. غير أن مثل هذه الجماعات اضطرت إلى أن تكون سرِّية بسبب ما كان يقع عليها من اضطهاد من قبل الكنيسة في روما والتي وصفت تعاليمها بأنها كفر. وقد بُعثت الفكرة من جديد مع الإصلاح الديني ومع استرجاع النزعة الحلولية الذي تزامن أيضاً مع هيمنة القبَّالاه على اليهود وانتشارها في الأوساط الدينية الغربية. ورغم أن لوثر وكالفن تمسكا بتعاليم أوغسطين حول هذه الفكرة، فإنها أخذت تتسرب إلى الجماهير وتستقطب أعداداً كبيرة منهم، ثم صارت فكرة محورية في عقول كثير من غلاة البروتستانت، وهو أمر منطقي يتسق مع بنية الفكر البروتستانتي ومع تَصاعُد معدلات الحلولية والعلمنة داخل النسق الديني المسيحي لما بعد الإصلاح الديني. وتُعَدُّ العقيدة الاسترجاعية من أهم تجليات العقيدة الألفية.

ومما ينبغي ذكره أن العقائد الألفية بتأكيدها مركزية فكرة نهاية التاريخ قد تأخذ شكلاً فاشياً متطرفاً، يطالب بتطهير النسق تماماً من العناصر الغربية، فترى اليهود باعتبارهم شعباً عضوياً منبوذاً وحسب ولا داعي لتوظيفه ويمكن الاكتفاء بالتخلص منه.