وقد ساهم ماجنيس فى تأسيس جماعة بريت شالوم (عهد السلام) لتعزيز التفاهم والتعاون بين العرب واليهود ودرء الخطر الناجم عن تنفيذ برنامج بلتيمور الصهيوني. كما ساهم فى تأسيس جماعة إيحود (الاتحاد) عام ١٩٤٢، التي ضمت عدداً من الأعضاء السابقين في بريت شالوم بالإضافة إلى شخصيات يهودية بارزة مثل مارتن بوبر وإرنست سيمون وسميلانسكي ورؤساء جمعية الحارس الفتى، كما انضم إلى الجمعية بعض العرب الفلسطينيين. وقد كانت الجمعية تنادي بدولة مستقلة مزدوجة الجنسية، ولكن جهودها ذهبت سدى بسبب الرفض الشعبي الفلسطيني ولعدم وجود آذان صهيونية صاغية، وقد عارض ماجنيس قرار تقسيم فلسطين. وفي عام ١٩٤٨، أصدر مجلس الجامعة العبرية بياناً أعلن فيه أن الجامعة وهيئة التدريس لا علاقة لهما بنشاطات ماجنيس السياسية الرامية لإنشاء دولة تتسع لليهود والعرب. وقد مات ماجنيس في نيويورك. وقد جُمعت كتاباته وخُطَبه في عدة كتب من بينها خطب في وقت الحرب ١٩١٧ - ١٩٢١ (١٩٢٣) ، وحيرة الأزمنة (١٩٤٦)