ولم يخلُ تاريخ المنظمة من الخلافات والصراعات بين التيارات المختلفة وكذلك الانقسامات والانشقاقات، فمنذ المؤتمر الصهيوني الأول (١٨٩٧) وحتى عام ١٩٠٥ تبلورت معارضة الصهاينة العمليين (الاستيطانيين التسلليين) الذين طالبوا بالتركيز على البند الأول من برنامج بازل الخاص بتشجيع حركة الاستيطان في فلسطين، في حين تزعَّم هرتزل تيار الصهاينة الدبلوماسيين (الاستعماريين) الذين ركزوا على تحقيق البند الرابع من البرنامج الصهيوني الخاص بالحصول على «ميثاق» دولي (أي غربي) يتيح الاستيطان اليهودي في فلسطين القائم على القانون وتحت حماية الدول الاستعمارية الكبرى. ومن الجدير بالذكر أن الخلاف بين الفريقين لم يكن خلافاً مبدئياً أو إستراتيجياً بقدر ما كان خلافاً تكتيكياً يرى التركيز على بند دون الآخر من بنود البرنامج الصهيوني. وبالفعل، تم التوصل في نهاية الأمر إلى صيغة توفيقية تجمع بين الاتجاهين وتتمثل في الصهيونية التوفيقية (أو التركيبية) التي طرحها وايزمان في المؤتمر الصهيوني الثامن (١٩٠٧) ، وقد نجح الصهاينة الاستيطانيون في إحكام سيطرتهم على المؤسسات الصهيونية كافة خلال المؤتمر الحادي عشر

(١٩١٣ظهرت خلافات عميقة حول إدارة المنظمة وبرز الجناح الديموقراطي الصهيوني (العصبة الديموقراطية) بقيادة حاييم وايزمان وليو موتزكين وفيكتور جيكوبسون ومارتن بوبر وغيرهم من الذين انتقدوا قيادة هرتزل لأنها غير ديموقراطية ولا تكترث بقضية بَعْث الثقافة اليهودية.

وعلى الصعيد نفسه، وجهت المعارضة التي قادها مناحم أوسيشكين من خلال اللجنة الروسية وعَبْر مؤتمرها الذي عقد عام ١٩٠٣ إنذاراً لهرتزل بالتخلي عن أسلوبه في إدارة المنظمة وبإلغاء مشروع شرق أفريقيا والتركيز على المشاريع الاستيطانية في فلسطين.