أما السلطة التنفيذية، ممثلة في مجلس الوزراء، فهي الجهة المخولة لتسيير شئون الدولة، واتخاذ القرارات المباشرة فيما يخص الشئون الداخلية والخارجية السياسية والاقتصادية والعسكرية، فالحكومة هي التي تصدر قرار الحرب. ورغم خضوع الحكومة نظرياً للكنيست، فإنها واقعياً هي التي تسيطر أو تملك قوة القرار لأن الحكومة هي التي تملك أغلبية برلمانية تمتلك اتخاذ قراراتها. ورئيس الوزراء يتمتع بمكانة تفوق ما يتمتع به رؤساء الحكومات في الدول الأخرى. ولعل القانون الأخير الذي تمت بموجبه انتخابات عام ١٩٩٦ يمثل زيادة أخرى في قوة رئيس الوزراء حيث يتم انتخابه مباشرةً، وهو ما يجعل خلعه من منصبه مهمة مستحيلة إلا بعد إجراء انتخابات عامة جديدة، أو موافقة ثلثي أعضاء الكنيست على خلعه، وهو نصاب من الصعب جداً أن تلتقي عليه الأحزاب الممثلة في الكنيست. ومن هنا يمكن اعتبار النظام في الكيان الصهيوني نظاماً يقترب من الديكتاتورية حتى في علاقته بالمستوطنين، يحكمه زعيم الحزب صاحب الأغلبية الذي هو رئيس الحكومة بشكل آلي في ظل القانون الجديد بعد أن ينتخبه الشعب، ويُعرف الحكم باستمرار باسم رئيس الحكومة.

ويتبع مكتب رئيس الوزراء مكتب خدمات الأمن الذي تتمثل فيه فروع الاستخبارات الرئيسية المدنية والعسكرية ويرأسه رئيس الموساد الذي يقدم تقاريره إلى رئيس الحكومة مباشرةً. والوزارات الصهيونية الأساسية هي الدفاع والمالية والخارجية. وخلافاً للدول الأخرى توجد وزارة للهجرة والاستيعاب مستحدثة منذ عام ١٩٦٨ انسجاماً مع الدور الاستيطاني للدولة، إضافة إلى قيام وزارات أخرى مثل الإسكان والدفاع تضطلع بتلك الأدوار الاستيطانية.