وقد استمرت النخبة الحاكمة (الكنيسة والنبلاء) في حماية اليهود، كما استمرت الثورة الشعبية ضدهم، وبخاصة في صفوف أعضاء الطبقة الوسطى، الندّ الحقيقي للجماعات الوظيفية الوسيطة والمنافس على القطاع الاقتصادي نفسه. ويُلاحَظ أنه أثناء حروب الفرنجة التي اكتسبت بعداً شعبياً، وهو ما جعلها مستقلة نوعاً ما عن الطبقات الحاكمة، كانت القوات غير النظامية هي التي ترتكب المذابح ضد اليهود. وفي المدن الحرة، في ألمانيا وغيرها من البلاد، كان الهجوم على أعضاء الجماعات اليهودية يبدأ بإسقاط الأقلية الثرية الحاكمة، ثم تحل محلها نخبة جديدة ذات جذور شعبية، ويعقب ذلك عمليات طرد وذبح اليهود. وقد انسحب معظم يهود أوربا إلى بولندا حيث لا توجد طبقة وسطى قوية. كما تم طردهم من إسبانيا بعد أن استكمل المسيحيون استرداد إسبانيا من المسلمين بعدة شهور، إذ اضطلعت الدولة الجديدة بوظائف الجماعة الوظيفية الوسيطة وأرادت أن تؤمِّن نفسها ضد العناصر الغريبة من المسلمين واليهود. ولهذا استمرت في ملاحقة من كانت تتصوَّر أنهم مسلمون أو يهود متخفون. ومع نهاية العصور الوسطى، كانت كلمة «يهودي» مرادفة في كثير من اللغات الأوربية لكلمة «تاجر» أو «مرابٍ» ، ولكلمات أخرى مثل «بخيل» أو «غشاش» ، وهي الصورة الإدراكية التي ستتبلور في عصر النهضة على يد شكسبير في شخصية «شيلوك» .