Periode Republik: 1945 Hingga Kini Di Mojokuto, Masyumi yang bersatu dipimpin oleh wakil masing- masing kelompok—Sarekat Islam, Muhammadiyah dan Nahdatul Ulama—dengan Muhammadiyah agak dominan, karena memiliki jumlah cendekiawan yang paling banyak. Ketika Republik Indonesia diproklama- sikan pada 17 Agustus 1945, dua organisasi militer dimasukkan ke dalam struktur partai itu. Yang pertama, Hizbullah, sebuah batalyon gerilya yang terdiri atas para pemuda yang tumbuh dari organisasi dengan nama yang sama, dibentuk oleh Jepang untuk memberikan latihan militer kepada para pemuda santri. Di Mojokuto (seperti Masyumi sendiri, Hizbullah mencakup seluruh Indonesia, tetapi sebagaimana halnya Masyumi, ia tidak memiliki organisasi pusat yang efektif) kelompok ini dipimpin oleh pimpinan Muhammadiyah yang sekarang—orang yang setahun sebelumnya pergi ke Jakarta untuk latihan propaganda dan belajar menjadi kamikaze. Kelompok militer kedua adalah Sabilillah, semacam pengawal garis belakang yang terdiri atas orang-orang yang lebih tua. Karena Nazir sudah meninggal, kelompok ini dipimpin oleh Haji Zakir, orang kawakan SI yang dalam kenyataannya tidak pernah melakukan apa apa. Mojokuto berada dalam wilayah Republik sampai “agresi” Belanda Kedua, dimana ia jatuh ke tangan pasukan kolonial dan banyak bangunan kota dihancurkan oleh taktik bumi hangus pasukan Indonesia yang mundur. Kebanyakan pemimpin Masyumi mundur ke markas militer di dua desa tempat para migran pertama dari Kudus menetap yang merupakan desa yang paling kuat santri-nya di wilayah itu. Terbukti, lokasi yang jelas ini tak diketahui Belanda (walaupun empat orang pucuk pimpinannya secara berturut-turut ditangkap Belanda di dekat Bragang dan dipenjarakan), karena para pimpinan ini selama berbulan- bulan mampu mengarahkan serangan langsung yang sporadis melawan Belanda yang bermarkas di kota—serangan yang terbukti tidak begitu efektif, kecuali sebagai gangguan kepada Belanda, tetapi beberapa pemuda Islam terbunuh karenanya. Akhirnya, pendapat umum dunia, keterampilan diplomatik para pemimpin Indonesia dan keberanian orang Indonesia sendiri yang mengesankan, menghasilkan kemerdekaan Indonesia. Masyumi berubah dari perkumpulam revolusioner semimiliter menjadi partai politik sejati yang meliputi seluruh Indonesia dalam sebuah konteks parlementer.