Biro Urusan Agama adalah yang paling besar serta paling penting dari keempat biro dan satu-satunya yang memiliki cabang sampai di tingkat Mojokuto. Di samping tata laksana teknis departemen secara keseluruhan, seperti anggaran belanja, pengaturan alat-alat kantor dan lain-lain, Biro Urusan Agama mengurus pelaksanaan hukum perkawinan dan perceraian serta hukum yang berhubungan dengan pengadaan dan pemeliharaan lembaga keagamaan (waka/): mendaftarkan dan melaporkan keadaan masjid swasta serta memeriksa keuangannya:? penyelenggaraan haji yang sekarang sepenuhnya ditangani pemerintah: dan mengumpulkan berbagai macam statistik, seperti jumlah sekolah agama, guru, murid, jumlah pengkhitan yang terdaftar dan sebagainya. Protestan, Katolik Roma dan “Agama-Agama Lain" berada di bawah biro ini, tetapi, terkecuali di daerah yang penduduknya banyak memeluk agama Kristen dan “Hindu- Buddha” Bali, kantor-kantor demikian terbatas pada tingkat pusat. (Keengganan orang-orang Kristen dicampuri urusannya oleh pemerintah yang hampir seluruhnya orang Islam, mengurangi fungsi departemen itu dalam hubungannya dengan mereka hanya sampai kepada menghitung jumlah gereja, mencatat perkawinan orang Kristen dan sekali-sekali mencetak brosur mengenai agama Kristen untuk menunjukkan bahwa departemen itu adalah “untuk semua agama, tidak hanya Islam saja”). Jawatan Pendidikan Agama terkait dengan pemberian pelajaran agama di sekolah-sekolah negeri: memberi subsidi kepada sekolah- sekolah agama swasta: menyelenggarakan sekolah agama negeri seperti Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri di Yogyakarta serta beberapa sekolah negeri untuk hakim agama dan guru agama: mempersiapkan guru agama serta imam untuk lembaga pemasyarakatan, tentara, asrama polisi dan semacamnya: mencetak serta membagikan buku pelajaran agama, termasuk terjemahan buku-buku asing. Jawatan Penerangan Agama berhubungan dengan penyebaran pamflet, brosur, poster dan sebagainya mengenai Islam dan mempersiapkan khotbah terjemahan untuk digunakan di masjid-masjid setempat kalau para pengurus masjid itu membutuhkannya. Jawatan Peradilan Agama mengatur pengadilan agama yang fungsinya memberikan fatwa kepada mereka yang memintanya mengenai hal-hal sulit dalam hukum Islam—seringkali berpusat pada soal warisan?—dan memberikan izin cerai kepada perempuan yang mengadu karena ditinggalkan suami atau diperlakukan buruk, menurut syarat-syarat yang membolehkan perceraian untuk alasan seperti itu, termuat dalam setiap perjanjian perkawinan.